Standar Akuntansi Pemerintahan (SAP) merupakan standar akuntansi pertama di Indonesia. Pemerintah Kota Yogyakarta berupaya untuk dapat menerapkan SAP. Namun banyak kendala yang masih dialami Pemerintah Kota Yogyakarta dalam upaya penerapan SAP, kendala-kendala yang dialami baik dari sumber daya manusia, sarana prasarana, regulasi dan keuangan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah: (1) wawancara, (2) dokumentasi, (3) kuesioner dan (4) observasi.
Hasil dari penelitian ini menunjukkan belum siapnya Pemerintah Kota Yogyakarta untuk menerapkan SAP. Sumber daya manusia yang tersedia yang belum memahami SAP karena belum diberikan sosialisasi yang mendalam dan pelatihan, sarana prasana yang belum mendukung, sistem dan program yang kurang memadaiserta keuangan yang belum dianggarkan untuk tahun 2006 ini. Upaya-upaya Pemerintah Kota Yogyakarta diantaranya telah mengimplementasikan Sistem Akuntasi Keuangan Daerah(SAKD)dan Sistem Informasi Manajemen Keuangan Daerah(Simkeuda)dalam penyusunan laporan pertanggungjawabnya.