Universitas Atma Jaya Yogyakarta memiliki 2 sistem penjaminan mutu internal yaitu EMI dan SPKO.Evaluasi Mutu Internal (EMI) merupakan instrumen evaluasi diri yang akan ditinjau secara berkala, disesuaikan dengan kondisi-kondisi internal perguruan tinggi, praktek baik yang berlaku di Indonesia, tuntutan nasional serta perkembangan di dunia internasional.
Sistem Penilaian Kinerja Organisasi (SPKO) adalah sebuah proses untuk menilai kinerja atau hasil kerja dari organisasi dan unit-unit yang ada dalam organisasi tersebut. Bagaimana membangun sistem yang dapat membantu proses penjaminan mutu di UAJY? Sistem Informasi Penjaminan Mutu(SIJITU) Universitas Atma Jaya Yogyakarta merupakan sistem yang dibangun dan bertujuan memberi kemudahan dalam penelusuran informasi seputar sistem penjaminan mutu akademik Universitas Atma Jaya Yogyakarta. SIJITU dibangun untuk memenuhi kebutuhan Universitas Atma
Jaya Yogyakarta dalam meningkatkan kualitas akademiknya berdasarkan penilaian dari pihak-pihak yang terkait.
Sistem ini berhasil dibangun dan bermanfaat untuk membantu UAJY dalam menjamin mutu pendidikan serta memudahkan evaluasi dibidang akademik.