Meningkatnya konsumsi keju oleh masyarakat Indonesia mendorong
munculnya berbagai usaha produksi keju skala UMKM. Tren konsumsi keju yang
meningkat berdampak pada kesadaran masyarakat mengenai dampak dari
kontaminasi patogen pada produk pangan. Penelitian ini bertujuan untuk
mendeteksi dan mengkuantifikasi kontaminasi bakteri patogen S. aureus dan L.
monocytogenes dari keju Mozzarella, Hallina, Cream Cheese, Cheddar, dan Brie
yang berasal dari PT X. Penelitian ini menggunakan metode molekuler dengan
Polymerase Chain Reaction dengan mengoptimasi suhu annealing dan metode
ekstraksi DNA. Metode PCR yang yang telah dioptimasi digunakan untuk
mendeteksi patogen S. aureus dan L. monocytogenes pada keju artisan yang
diperoleh dari lapangan. Hasil yang didapatkan adalah terdapat prevalensi keju
positif patogen S. aureus dan L. monocytogenes mencapai 100%. Konsentrasi S.
aureus tertinggi ditemukan pada keju Hallina dengan konsentrasi 3,38 log CFU/mL
sedangkan konsentrasi L. monocytogenes tertinggi ada pada keju Mozzarella
dengan konsentrasi 3,38 log CFU/mL. Berdasarkan hasil yang didapatkan
diperlukan strategi pengendalian kualitas dari susu mentah, higenitas pekerja, serta
kewaspadaan mengenai kontaminasi dari biofilm dari bakteri L. monocytogenes.