Makroinvertebrata Benthos merupakan organisme penghuni dasar perairan, dapat digunakan sebagai bioindikator untuk melihat kualitas perairan. Penelitian tentang keanekaragaman Makroinvertebrata Benthos dan evaluasi kualitas perairan dilakukan di Sungai Winongo dan Sungai Code. Metode yang digunakan adalah indeks diversitas, parameter fisik-kimia (suhu, padatan tersuspensi, DO, BOD5, pH, NH3-N), dan indeks evenness untuk melihat penyebaran jenis. Hasil penclitian menunjukkan, di Sungai Winongo pencemaran mulai terjadi di Pingit (tengah kota) sampai di Panggungharjo (sesudah kota), di setiap akhir lokasi (Panggungharjo) terjadi perbaikan kualitas perairan. Penyebaran jenis merata di sepanjang aliran sungai ini dengan 8 macam jenis teramati, yang tidak terdapat di Sungai Code. Sedangkan di Sungai Code menunjukkan pencemaran telah terjadi di Sendowo (sebelum kota) sampai di Kaloran (sesudah kota), di akhir lokasi (Kaloran) tidak terjadi perbaikan kualitas perairan. Penyebaran jenisnya merata kecuali di Kaloran, dengan 3 macam jenis teramati yang tidak terdapat di Sungai Winongo.