Tujuan penelitian ini ialah untuk melihat pengaruh kebijakan pemerintah di bidang pendidikan, terutama SKB 2 dan 3 menteri terhadap kerukunan antar umat beragama. Fokus penelitian adalah Yayasan dan Sekolah Swasta Kristiani karena di dalamnya terdapat pluralitas penganut agama.
Metodologi yang digunakan dalam penelitian ini ialah pendekatan kualitatif dengan sasaran utama data yang diperoleh dari responden penelitian. Untuk memperoleh data tersebut digunakan metode pengumpulan data yang bersumber dari dokumen-dokumen dan wawancara langsung kepada sejumlah pejabat instansi di DIY berkaitan dengan pelaksanaan SKB 2 dan 3 Menteri serta Pimpinan pengurus Yayasan Penyelenggara Pendidikan Kristiani dan Pimpinan Sekolah Swasta yang menjadi sampel penelitian.
Penelitian menghasilkan temuan bahwa pemerintah berusaha sedapat mungkin agar SKB tersebut dilaksanakan di sekolah-sekolah karena ini sudah merupakan kebijakan pemerintah, bahkan beberapa dari ketua instansi terjun langsung di sekolah-sekolah. Sedangkan Yayasan Penyelenggara Pendidikan Kristiani semuanya menolak untuk melaksanakan SKB 2 dan 3 Menteri. Alasannya, SKB tidak memberikan kebebasan kepada murid untuk memilih. Selain itu, SKB bertentangan dengan sistem UU di atasnya yang tidak mewajibkan Sekolah Swasta dengan ciri khas keagamaan untuk memberikan pelajaran agama yang berbeda dengan agama ciri khasnya. Dilihat dari segi Trilogi Kerukunan yang dicanangkan oleh Pemerintah, SKB 2 Menteri dan 3 Menteri menghambat tercapainya kerukunan antar umat beragama karena dalam upaya pelaksanaannya telah menimbulkan dampak negatif yaitu keresahan pada masyarakat.