Penelitian ini merupakan studi kasus di Universitas Atma Jaya Yogyakarta, dengan mengkaji tema "Memahami kebebasan Bergama untuk membangun Kerukunan Antar Umat beragama". Tujuannya untuk mengetahui sejauh mana pemahaman mahasiswa tentang kebebasan beragama dan mengungkap apakah benar pemahaman mahasiswa tentang agama masih bersifat tekstual?

Penelitian ini dilakukan dengan cara memadukan antara penelitian lapangan (kuesioner) dan penelitian kepustakaan. Dari hasil penelitian ditemukan bahwa pemahaman mereka tentang kebebasan beragama masih rendah. Sebagian besar responden menganggap kebebasan beragama bersifat tidak terbatas, iman bersifat tidak rasional, diluar agamanya tidak ada keselamatan, menganggap norma agama menjadi norma tertinggi, kebenaran agama bersifat tunggal, dan menganggap bahwa dengan adanya pluralisme agama menujukkan ada agama yang salah dan agama yang benar. Ini menunjukkan pemahaman mereka tentang agama memang masih bersifat tekstual. Mereka kurang kritis dan bertanggungjawab atas agamanya, sehingga tidak menemukan makna terdalam dari agama. Akibatnya penghayatan agamanya tidak dan kurang kontektual.

Kebebasan beragama adalah hak setiap manusia. Dasar dari kebebasan beragama adalah martabat pribadi manusia. Hak itu adalah wewenang setiap pribadi manusia untuk bebas berbuat atau tidak berbuat, untuk menerima atau menolak kebenaran yang dicari oleh umat beragama. Mereka wajib berpegang pada kebenaran agama yang diakuinya, sesuai dengan kodrat mereka. Jadi hak kebebasan beragama didasarkan pada kodrat martabat pribadi manusia dan bersifat universal. Maka kebebasan beragama perlu dihayati dalam keputusan suara hati dan selalu berkiblat pada sejumlah tuntutan dasar manusiawi, yaitu nilai ketuhanan, perikemanusiaan, persatuan, permusyawaratan dan keadilan. Semua nilai ini telah menunjukkan visi atau pandangan hidup yang khas kebudayaan Indonesia. Dengan demikian kebebasan beragama bersifat terbatas. Yang membatasi adalah martabat manusia. Pembatasan ini diperlukan untuk melindungi kepentingan umum dan demi kebaikan moralitas manusia.

Agama memiliki tanggungjawab dalam mewartakan kebebasan beragama dan hak asasi manusia. Karena itu kegembiraan dan harapan, duka dan kecemasan orang-orang zaman sekarang, terutama kaum miskin dan siapa saja yang menderita merupakan kegembiraan dan harapan, duka dan kecemasan para murid Kristus juga (GS no 1)