Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap persepsi mahasiswa Universitas Atma Jaya Yogyakarta tentang model pembelajaran moral selama ini, kelemahan dan kelebihan model pembelajaran moral di Universitas Atma Jaya Yogyakarta serta efektifitas pembelajaran moral melalui Pendidikan Moral Agama di Universitas Atma Jaya Yogyakarta?
Data yang dipergunakan dalam penelitian ini adalah data sekunder dan data primer. Data sekunder diperoleh melalui penelitiaan kepustakaan dengan menggunakan alat pengumpulan data studi dokumen. Data primer diperoleh dengan cara membagikan kuisioner dan melakukan wawancara secara mendalam kepada mahasiswa khususnya di Fakultas Biologi dan Fakultas Ekonomi Universitas Atma Jaya Yogyakarta yang mengambil mata kuliah Pendidikan Moral Agama pada semester genap Tahun Ajaran 2001-2002. Data tersebut diolah dengan menggunakan pendekatan kefilsafatan yang bersifat kritis-reflekstif dengan bantuan unsur-unsur metodis berupa interpretasi, holistika dan idealisasi
Hasil penelitian menunjukkan bahwa pembelajaran moral merupakan sesuatu yang urgen dan perlu diberikan di lingkungan perguruan tinggi maupun di lingkungan kehidupan masyarakat umum. Model pembelajaran moral dengan menggunakan metode ceramah diminati oleh sebagian mahasiswa dengan pertimbangan, mereka tidak perlu susah susah menggali dan mengolah pengetahuan, tinggal mendengarkan saja sudah memperoleh pengetahuan. Namun, metode ini memiliki kelemahan yaitu membuat mahasiswa bersifat pasif, kurang menghargai kebebasan berpikir dan cenderung mengembangkan aspek kognisi (pengetahuan) saja. Metode pembelajaran moral yang lebih mengedepankan pemberdayaan dan kebebasan berpikir alternatif di kalangan mahasiswa adalah dengan menggunakan model diskusi membahas tentang kasus kasus moral. Model pembelajaran dengan cara membahas kasus-kasus moral agar penyajiannya tidak cenderung bersifat normatik sehingga hanya akan melahirkan pemahaman yang ferbalistik, perlu didukung dengan kerjasama yang baik antara dosen, orang tua mahasiswa dan tokoh masyarakat. Bila ditilik kecilnya perkembangan kesadaran moral mahasiswa setelah mengikuti kuliah Pendidikan Moral Agama, harus dikatakan bahwa kuliah Pendidikan Moral Agama di UAJY tidaklah efektif dan efisien. Kuliah Pendidikan Moral Agama kurang meningkatkan perkembangan kesadaran moral mahasiswa. Hanya dalam sedikit kasus kesadaran moral mahasiswa berkembang ke Tingkat pasca-konvensional. Namun demikian kalau dilihat pada kasus-kasus apa perkembangan kesadaran moral itu terjadi, harus dikatakan bahwa kuliah Pendidikan Moral Agama masih cukup berpengaruh, karena dalam 9 kasus terjadi perkembangan kesadaran moral deri Tingkat Konvensional ke Tingkat pasca-konvensional, dan 5 kasus terjadi perkembangan kesadaran moral dari Tingkat Pra-konvensional ke Tingkat pasca-konvensional. Di samping itu, kuliah Pendidikan Moral Agama sangatlah efektif untuk tetap mempertahankan kesadaran moral mahasiswa agar tetap berada di Tingkat Pasca-konvensional, lebih-lebih pada saat terdapat banyak godaan di bidang moral.