Cerek Jawa merupakan salah satu burung pantai endemik Indonesia yang
dilindungi sehingga studi molecular sexing diperlukan untuk mendukung usaha
konservasinya. Dalam studi molekuler, ekstraksi diterapkan untuk mendapatkan
DNA template yang bebas dari inhibitor, tetapi ekstraksi dapat memakan waktu
dan biaya cukup banyak saat diterapkan dalam penelitian skala besar. Menyikapi
hal tersebut, beberapa studi mengkaji tentang perbandingan hasil amplifikasi PCR
antara metode ekstraksi dengan metode isolasi alternatif/tanpa ekstraksi. Studi
perbandingan metode isolasi DNA penting diterapkan dalam molecular sexing
Cerek Jawa. Molecular sexing mampu menentukan jenis kelamin Cerek Jawa
secara pasti, sehingga mendukung keberhasilan reproduksinya dalam program
konservasi. Selain itu, perbandingan metode isolasi DNA dapat memberi pilihan
alternatif yang minim waktu serta biaya dalam molecular sexing. Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui metode isolasi DNA paling efektif dalam molecular
sexing Cerek Jawa dengan membandingkan beberapa metode, yaitu ektraksi kit,
alkalin lisis dan PCR langsung. Penelitian ini menggunakan 5 sampel darah dalam
kertas saring, dan 8 sampel darah dalam EDTA. Masing-masing sampel diisolasi
DNA-nya dengan metode ekstraksi kit, alkalin lisis dan PCR langsung, lalu
molecular sexing akan dilakukan menggunakan primer universal 2550F/2718R.
Hasil penelitian menunjukan bahwa DNA pada sampel darah kertas saring metode
ektraksi kit, alkalin lisis dan PCR langsung, berhasil diamplifikasi dengan primer
2550F/2718R yang menghasilkan pita CHD1-Z dengan ukuran 621 bp dan pita
CHD1-W dengan ukuran 459 bp. DNA pada sampel darah EDTA metode ektraksi
kit, alkalin lisis dan PCR langsung, juga berhasil diamplifikasi dengan primer
2550F/2718R yang menghasilkan pita CHD1-Z dengan ukuran 621 bp dan pita
CHD1-W dengan ukuran 459 bp. Berdasarkan hasil yang diperoleh, diketahui
metode isolasi DNA paling efektif dalam molecular sexing Cerek Jawa adalah
ekstraksi DNA menggunakan kit.