Siregar, Stephanie Rani Tiurma (2019) DESAIN DAN UJI PRIMER SPESIFIK UNTUK IDENTIFIKASI JENIS TIKUS PADA FESES GARANGAN JAWA (Herpestes javanicus). S1 thesis, UAJY.

Preview

Text (Halaman Awal)
BL016170.pdf
Download (1MB) | Preview

Preview

Text (Bab I)
BL016171.pdf
Download (201kB) | Preview

Preview

Text (Bab II)
BL016172.pdf
Download (264kB) | Preview

Text (Bab III)
BL016173.pdf
Restricted to Registered users only
Download (364kB)

Text (Bab IV)
BL016174.pdf
Restricted to Registered users only
Download (447kB)

Preview

Text (Bab V)
BL016175.pdf
Download (705kB) | Preview

Abstract

Garangan jawa (Herpestes javanicus) memiliki peran sebagai agen
pengendali biologi terhadap populasi tikus. Salah satu cara yang dapat digunakan
untuk mengetahui kemampuan garangan jawa sebagai agen pengendali biologi
terhadap tikus adalah dengan mengkonfirmasi keberadaan tikus sebagai salah satu
mangsa yang dimakan oleh garangan jawa. Jenis tikus yang dapat dikendalikan oleh
garangan jawa dapat diketahui dengan melakukan identifikasi jenis tikus yang
dimangsa garangan jawa menggunakan. Pendekatan molekuler menggunakan single
primer dapat dilakukan untuk mengidentifikasi jenis tikus yang dimangsa garangan
jawa. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain dan menguji primer spesifik dalam
mengamplifikasi gen COI region 1 untuk identifikasi jenis tikus pada feses garangan
jawa (Herpestes javanicus). Sampel yang digunakan pada penelitian ini berasal dari
feses garangan jawa. Uji primer spesifik dilakukan untuk mengetahui spesifitas dan
efisiensi dari desain primer spesifik, baik secara in silico maupun secara in vitro.
Hasil desain primer spesifik menggunakan aplikasi SP-Designer V7.0 terdiri dari 5
pasang primer, primer MMU untuk Mus musculus, RTA untuk Rattus tanezumi, RTI
untuk Rattus tiomanicus, BIN untuk Bandicota indica, dan RAR untuk Rattus
argentiventer. Primer spesifik yang didesain secara in silico memiliki spesifitas yang
baik (dari hasil blast diketahui primer dapat melekat tepat pada sekuen spesies target)
tetapi efisiensi yang kurang baik (dapat membentuk struktur sekunder). Pengujian
secara in vitro menggunakan touchdown PCR yang dilanjutkan dengan sekuensing
memberikan kelima pasang primer spesifik dapat mengamplifikasi dan menghasilkan
amplikon yang spesifik, sehingga menandakan secara in vitro primer spesifik
memiliki spesifitas dan efisiensi yang baik.

Actions (login required)

View Item