Gereja Bintaran didirikan sampai saat ini merupakan salah satu gereja bersejarah di Yogyakarta.
Sejak didirikan sampai saat ini banyak perubahan yang dilakukan, terutama pada bagian dalamnya. Perubahan ini, pada umumnya, didasarkan pada kebutuhan secara fungsional secara liturgis dan kurang mempertimbangkan segi arsitekturalnya.
Penataan kembali ruang dalam gereja Bintaran ini disesuaikan dengan tuntutan liturgi yang baru dan mempertimbangkan aspek konservasi. Pada penataan kembali ruang dalam ini, benda-benda yang mempunyai nilai kesejarahan diusulkan untuk ditempatkan kembali sesuai kondisi semula. Bagian-bagian yang perlu berubah karena tuntutan liturgy baru tersebut dilakukan sedemikian rupa agar tidak banyak mengubah tatanan yang asli