Perencanaan pembangunan Bendungan Bener merupakan upaya pemerintah
dalam memasok air untuk keperluan rumah tangga, kota, dan industri di Kabupaten
Purworejo, Kebumen, dan Kulonprogo. Bendungan berguna bagi pembangkit
listrik, sebagai sumber air untuk lahan pertanian, dan konservasi sumber daya air.
Berdasarkan perhitungan neraca air didapat nilai ketersediaan air, kebutuhan air,
surplus maupun defisit air.
Perhitungan debit banjir Bendungan Bener periode 2, 5, 10, 25, 50, 100, 200,
1000, 2000, dan 3000 tahun dengan data curah hujan maksimum tahunan pada 6
stasiun hujan terdekat dengan bendungan. Untuk perhitungan neraca air, digunakan
data-data berupa data debit terukur dari stasiun AWLR terdekat pada daerah
perencanaan bendungan dan data-data statistik meliputi jumlah sekolah, jumlah
puskesmas, jumlah rumah sakit, jumlah rumah ibadah, jumlah pegawai, jumlah
hotel, jumlah kawasan industri, dan jumlah kawasan pariwisata. Data debit terukur
akan mewakili data ketersediaan air sedangkan data-data statistik mewakili
kebutuhan air. Data yang digunakan dalam perhitungan neraca air dimulai pada
tahun 1999 sampai 2014.
Berdasarkan perhitungan diperoleh defisit air terjadi pada tahun 1999
sampai 2014, kemudian pada neraca air bulanan pada bulan-bulan tertentu
mengalami defisit air seperti bulan Mei, Juni, Juli, Agustus, September, Oktober,
November. Pada neraca air mingguan (tiap dua minggu) mengalami defisit paling
besar pada tahun 2003 dari bulan Juli minggu ke-1 hingga bulan November minggu
ke-2. Pada neraca air yang dihitung hanya untuk memenuhi kebutuhan air irigasi
saja akan mengalami defisit paling besar pada tahun 2003 yaitu dari bulan Agustus
minggu ke-1 hingga bulan Desember minggu ke-1.