Tanaman kopi (Coffea spp.) merupakan tanaman yang sudah ada di Indonesia
sejak masa tanam paksa oleh Pemerintahan Hindia – Belanda tahun 1816-1830.
Kopi kemudian menyebar di seluruh penjuru Indonesia terutama di Jawa. Kopi
hidup pada ketinggian tertentu dan memiliki kekhasan rasa yang beragam
tergantung tanaman penaung yang ada. Keanekaragaman genetik kopi dapat
dipengaruhi oleh kondisi lingkungan sehingga filogeografi populasi kopi yang
terpisah secara geografis dapat dianalisis.Penelitian ini bertujuan untuk melihat
apakah terdapat perbedaan keanekaragaman genetik kopi yang ditanam di Gunung
Lawu yang termasuk dalam Propinsi Jawa Timur, Kemuning yang termasuk dalam
Propinsi Jawa Tengah dan Turgo yang termasuk dalam Propinsi Daerah Istimewa
Yogyakarta, dan bagaimana filogeografi (hubungan kekerabatan) antar kopi
tersebut. Sampel yang digunakan sebanyak 30 daun kopi robusta yang diperoleh
dari Gunung Lawu, Kemuning dan Turgo. Tahapan penelitian meliputi
pengambilan sampel, ekstraksi DNA dengan CTAB, kuantifikasi DNA, visualisasi
DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan analisis data. Marka yang digunakan
dalam PCR adalah OPI-07, OPM-04, OPL-18, DAN OPA-11. Pita DNA yang
dihasilkan selanjutnya diskoring dan dianalisis menggunakan aplikasi POPGENE.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa keanekaragaman kopi robusta adalah tinggi
dengan rata – rata persen polimorfik 58,35 dengan jumlah rata – rata pita 9
berdasarkan skoring. Primer yang paling efektif adalah OPI 07. Kekerabatan antara
kopi robusta Lawu dan Kemuning memiliki jarak yang lebih dekat dibandingkan
dengan kopi Turgo.