Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengetahui kelimpahan jenis makrozoobentos di Sungai Karangnongko Kabupaten Klaten dan menentukan kualitas sungai karangnongko dengan keanekaragaman makrozoobentos. Hasil pengamatan di dapat jenis keanekaragaman jenis makrozoobentos di peroleh 6 jenis dari dua klas dengan 3 famili. Jenis mekrozoobentos dari klas gastropoda dengan famili Thiaridae meliputi Brostia testudinaria, Brostia costula, famili Lymnacidae meliputi pomacea canaliculata, jenis makrozoobentos dari Kelas Malacostraca meliputi famili Parathephussidae meliputi parathelphusa convexa, dari famili Palaemonidae meliputi Macrobrachium Ohione, Palaemonetes Vulgari. Untuk Indek keanekaragaman paling tinggi di stasiun 1 dengan nilai 1,49 yang menunjukan bahwa Keragaman jenis sedang, produktivitas cukup, kondisi ekosistem cukup seimbang, tekanan ekologis sedang. Stasiun 2 dan 3 sama dengan nilai indek keanekaragaman 1,34 yang menunjukan bahwa Keragaman jenis sedang, produktivitas cukup, kondisi ekosistem cukup seimbang, tekanan ekologis sedang. Pengukuran kualitas air berdasarkan sifat fisik-kimia diperoleh suhu rata-rata 24,6 – 25,3 oC, Ph rata – rata 6,6 – 8, kecepatan arus rata – rata 5,6 – 6,3 m/s, DO rata - rata 7,2 – 9,9, CO rata – rata 1- 3.