Jepang selalu dianggap sebagai model negara yang sukses menjalankan modernisasi sembari merawat unsur-unsur tradisinya yang penting. Karena itu, negara-negara berkembang melirik Jepang sebagai teladan yang perlu dicontoh, khususnya oleh bangsa Indonesia. Cerminan semangat negeri Jepang tersebut dapat diwujudkan yaitu dengan mempelajari negaranya dan terlebih budayanya.
Lembaga Indonesia – Jepang di Yogyakarta merupakan suatu wadah yang menyediakan fasilitas pembelajaran tentang negeri Jepang dengan kebudayaannya yang lengkap. Lembaga Indonesia – Jepang ini membuka peluang bagi siapa pun untuk semakin mengenal dan memahami kebudayaan Jepang dan bias mempelajarinya.
Selain itu, prinsip akulturasi antara kebudayaan tradisional Jawa dan negeri Jepang menjadi dasar dalam mewujudkan Lembaga Indonesia – Jepang di Yogyakarta. Ajaran Zen dari Jepang dan prinsip arsitektur Jawa yang diambil yaitu berupa sendi-sendi pokok yang diterapkan dalam penataan massa dan pengolahan ruang dalam Lembaga Indonesia – Jepang melalui proses transformasi pemaknaan dan esensi ke dalam elemen-elemen arsitektur. Dari keseluruhan transformasi didapatkan sebuah kata dasar yaitu ‘perjalanan’, sebagai landasan dasar merancang Lembaga Indonesia – Jepang di Yogyakarta berdasarkan prinsip akulturasi.