Penelitian ini bertujuan utuk mengidentifikasi Cerek jawa (Charadrius javanicus)
secara molekuler dan mengetahui perbedaan keragaman genetiknya dengan
kelompok superspesies Cerek tilil (C. alexandrius). Analisis molekuler yang
digunakan berbasis PCR dengan dua marka DNA mitrokondrial, yaitu D-Loop dan
ND3. Sampel darah Cerek jawa dikoleksi dari Pantai Trisik, Yogyakarta (10),
Wonorejo, Surabaya (1) dan Indramyu (1). Tidak semua sampel teramplifikasi
dengan kedua marka tersebut. Tida sampel tidak teamplifikasi dengan D_Loop dan
dua tsampel tidak teramplifikasi dengan ND3. Hasil reaksi sekuennya dari sampel
yang teramplifikasi mengindikasikan bahwa masih perlu dilakukan optimasi PCR.
Berdasarkan pencaraian kemiripan hasil sekuen yang baik (masing-masing 2
sampel dengan D-Loop dan ND3) dalam database NCBI, sekuen DNA Cerek
jawa hasil penelitian ini merupakan haplotipe baru yang tidak ada di database.
Sekuen DNA Cerek jawa, baik berdasarkan D-Loop dan ND3 memiliki kemiripan
dengan sekuen Cerek tilil