Penelitian mengenai Arthropoda gua di kawasan karst terutama di Pulau Jawa masih sangat jarang dilakukan. Padahal di Pulau Jawa terdapat kawasan karst yang terbentang luas mulai dari Gunungkidul hingga ke Pacitan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis Arthropoda apa saja yang yang terdapat di gua Ngguwo serta mengetahui tingkat keanekaragaman jenis Arthropoda pada tiap zona. Metode yang digunakan adalah metode koleksi langsung, pitfall trap, sugaring trap, light trap dan pengambilan sampel tanah. Hasil penelitian menunjukan bahwa terdapat 7 jenis Arthropoda yang ditemukan pada gua Ngguwo, yaitu Charon (11) dari kelas Arachnida, Rhaphidophora (38), Evania (1) dan Chimarra (107) dari kelas Insecta, Isotomiella (3) dan Bromacanthus (1) dari kelas Collembola, dan Caridina (16) dari kelas Malacrostaca. Sedangkan indeks keanekaragaman Arthropoda di setiap zona berturut-turut adalah zona terang 1.0496, zona remang-remang 0.869, zona gelap 1.1653, dan zona gelap total 0.6365.